A NAP célja az agykutatásban nagy hagyományú, e téren ma is kiemelkedő hazai egyetemi, klinikai és akadémiai kutatóhelyek célzott fejlesztése és bővítése, a kutatóhelyek és az ide kapcsolódó hazai ipari kutatás-fejlesztés kapcsolatainak megerősítése, a hazai agykutatás nemzetközi versenyképességének fokozása, társadalmi, gazdasági hasznosságának hosszú távú megalapozása.
Az agy megismerése az egyik legnagyszerűbb intellektuális kihívás és létfontosságú Magyarország és korunk minden fejlett társadalma számára. Az agykutatók alapvető célja ismereteket szolgáltatni az egészséges emberi agyműködés biztosítása érdekében. A „Nemzeti Agykutatási Program” (röviden NAP) elnöklésére a „The Brain Prize” kitűntetettje, Freund Tamás akadémikus kapott felkérést, aki a Magyar Tudományos Akadémia Kísérleti Orvostudományi Kutatóintézet (MTA KOKI) igazgatója, az Európai Idegtudományi Társaságok Szövetségének (FENS) korábbi elnöke, J.M. Barroso EU Bizottsági elnök Tudományos és Technológiai Tanácsadó Testületének tagja. Freund professzor és a KOKI révén a NAP kapcsolódik az eddigi legnagyobb közös európai kutatási vállalkozáshoz, az EU Bizottság FET Flagship programjának keretében induló “Human Brain Project”-hez is, amiben előkészítésétől kezdve részt vesznek és az irányító konzorcium tagjai.
A NAP – a tudományos időszerűség és a hazai adottságok figyelembe vételével – öt tematikus pillérre fókuszált. A pillérek és elnökeik-társelnökeik a következők: Felfedező kutatások - Nusser Zoltán és Tamás Gábor, Klinikai idegtudományi kutatások - Dóczi Tamás, Bitter István, Vécsei László, Gyógyszerfejlesztéshez kapcsolódó kutatások – Szombathelyi Zsolt és Keserű György, Bionikai és Infobionikai kutatások - Ulbert István és Erőss Loránd, Társadalmi kihívások – Oberfrank Ferenc és Csiba László.